Sejalan dengan misi Badan POM yaitu menerapkan sistem manajemen mutu secara konsisten, maka pada tanggal 17-18 Oktober 2013 Balai POM di Ambon melaksanakan Audit Internal ISO 9001:2008. Tujuan pelaksanaan audit internal ini untuk melihat penerapan ISO 9001:2008 dalam pelaksaan kegiatan sehari-hari. Pada Open Meeting yang dibuka oleh wakil ketua Manajer Reperesentatif (MR), Ibu Dra. Hariani, Apt., dan dihadiri oleh seluruh MR dan staf Balai POM di Ambon, tim auditor yang terdiri dari Ibu Uji Sukmawati, S.Si.,Apt (BBPOM Pontianak), Ibu Nur Muthiawati, S.Si., Apt (BPOM Palu) dan Bapak Sahat Nicolus, A.Md (BPOM Gorontalo) memaparkan jadwal dan mekanisme pelaksanaan audit internal. Pelaksanaan audit internal ini diharapkan dapat memberikan masukan sebagai continous improvement untuk penerapan ISO 9001:2008 secara berkelanjutan. Balai POM di Ambon secara umum dianggap telah menerapkan ISO 9001 dengan baik, namun terdapat beberapa temuan yang harus ditindaklanjuti diharapkan tindakan perbaikan tersebut dapat diselesaikan oleh seluruh personil Balai POM di Ambon sehingga pengawasan obat dan makanan dapat dilaksanakan secara optimal ditunjang penerapan ISO 9001:2008.
